8 hechos que la mayoría de la gente no conoce sobre el ADN de la saliva

Desde el lanzamiento de este blog, The Genetic Link, en 2009, hemos publicado numerosos artículos, entrevistas, información técnica e infografías para compartir lo que sabemos sobre el ADN de la saliva. La saliva es el bio-fluido más accesible del cuerpo humano, pero, después de 7 años, seguimos sorprendidos de la frecuencia con la que escuchamos percepciones erróneas sobre este tipo de muestra robusto y de fácil acceso. Es hora de poner las cosas en claro sobre el ADN de la saliva de una vez por todas. ¿Estás lista? Aquí hay 8 datos sobre el ADN de la saliva que la mayoría de la gente no conoce.

Hecho # 1: El ADN en la saliva se deriva tanto de células epiteliales bucales como de glóbulos blancos.

Puede sorprenderte saber que hay mucha confusión en torno a la fuente real de ADN genómico en la saliva. Sorprendentemente, la mayoría de la gente asume que la fuente de ADN en la saliva son estrictamente células epiteliales bucales. Sin embargo, los estudios muestran que hasta el 74% del ADN en la saliva proviene de glóbulos blancos, que son una excelente fuente de grandes cantidades de ADN genómico de alta calidad. La saliva, que produce prácticamente la misma cantidad de ADN por volumen y la misma calidad de ADN que la sangre, puede considerarse equivalente a la sangre para aplicaciones genéticas.

Hecho # 2: La gran mayoría del ADN de la saliva es de origen humano.

Mientras que la mayoría de los científicos prefieren grandes cantidades de ADN, los avances tecnológicos en plataformas descendentes ahora permiten realizar pruebas incluso en pequeñas cantidades de ADN con la advertencia de que el ADN es de calidad suficiente. Como se indica en el hecho # 1, la mayoría del ADN en la saliva proviene de los glóbulos blancos. Sin embargo, la saliva humana también contiene bacterias. Al extraer ADN de la saliva, el ADN bacteriano se recupera junto con el ADN humano. En comparación con otros métodos de muestreo oral, como hisopos bucales o enjuagues bucales, una muestra de saliva de 2 ml recogida con Orageno produce aproximadamente un 11% de ADN bacteriano, sustancialmente menor que el enjuague bucal en un 66% y los citobrushes en más del 88% de ADN bacteriano.

Si está utilizando saliva recolectada con un producto como Oragene, puede estar seguro de que la mayoría del ADN de la saliva es de origen humano con un contenido bacteriano muy bajo.

Hecho # 3: El ADN de la saliva es de alta pureza, a pesar de las bajas proporciones A260/A230.

La absorbancia a 230 se utiliza para medir diversos contaminantes, como fenoles y compuestos fenólicos, carbohidratos y otros productos orgánicos. Las muestras de saliva contienen una gran cantidad de carbohidratos (de la proteína mucina fuertemente glicosilada). Mientras que la proteína se elimina durante la extracción, se dejan pequeñas cantidades de este carbohidrato. Los carbohidratos absorben muy fuertemente a 230 nm, por lo que incluso pequeñas cantidades de carbohidratos pueden inflar en gran medida la lectura de 230, lo que conduce a una proporción pobre. La presencia de estos carbohidratos no afecta a la aplicación posterior y, por lo tanto, el A260/A230 no es un método útil para evaluar la idoneidad para el uso posterior del ADN extraído de muestras de saliva. Los fenólicos pueden ser motivo de preocupación; sin embargo, estos no están dentro de los reactivos Oragene y prepIT•L2P, por lo que esto no es un problema para las muestras de Oragene/saliva.

Para medir con precisión la pureza del ADN extraído de la saliva, se debe calcular A260/A280. La relación de absorbancia a 260 nm vs 280 nm se utiliza comúnmente para evaluar la contaminación del ADN de las soluciones de proteínas, ya que las proteínas (en particular, los aminoácidos aromáticos) absorben la luz a 280 nm. Al extraer con prepIT * L2P, la mediana de la relación A260/A280 está entre 1,6 y 1,9. Estas proporciones son típicamente indicativas de una muestra de ADN que funcionará bien en su aplicación posterior, dado que todas las demás métricas de control de calidad pasan (alto peso molecular en gel, concentraciones aceptables por método de cuantificación basado en fluorescentes).

Hecho # 4: La saliva produce ADN de alta cantidad y alto peso molecular.

Al extraer ADN de muestras de Orageno / saliva, el ARN co-purificará con el ADN. El ARN no afectará sus aplicaciones posteriores (incluyendo PCR, genotipado SNP, WES o WGS) y puede eliminarse, sin embargo, afectará la cuantificación del ADN si se cuantifica solo por absorbancia. Al cuantificar por absorbancia (como Nanodrop), está midiendo la cantidad total de ácidos nucleicos en una muestra (ARN y ADN). Por lo tanto, la cantidad de ADN en una muestra podría sobreestimarse y podría resultar en un rendimiento reducido debido a la carga insuficiente de ADN en su ensayo. La cuantificación basada en fluorescencia, como Picogreen o Qubit, proporciona una medición precisa del ADN dentro de una muestra de saliva.

El rendimiento medio de ADN de una muestra de saliva de 2 ml utilizando Orageno es de 110 µg cuando se purifica de acuerdo con el protocolo Orageno optimizado utilizando prepIT•L2P y se mide mediante el método de fluorescencia/DNasa altamente específico. En términos de peso molecular, el ADN de Orageno / saliva es > 23 kbp de tamaño. Tanto el rendimiento de ADN como el peso molecular permanecerán de alta integridad durante años a temperatura ambiente cuando se recolecten en la química de estabilización de Orageno.

Hecho # 5: La saliva puede reemplazar de manera confiable la sangre para el análisis de ADN.

La extracción de sangre a menudo se considera el estándar de oro para la calidad del ADN y es una práctica establecida en hospitales, clínicas y laboratorios de todo el mundo. Sin embargo, muchas personas no saben que reemplazar la sangre con saliva es una opción comprobada para el análisis genómico de ADN.

Los kits de recolección de saliva (Oragene) están diseñados para estabilizar el ADN de alto peso molecular inhibiendo la degradación y previniendo el crecimiento bacteriano. La mayoría del ADN obtenido con Orageno es > 23 kb en tamaño de fragmento y la cantidad de bacterias tiene una importancia práctica mínima, ya que la gran mayoría es de origen humano (un promedio de solo 11,8% de bacterias).

Múltiples estudios confirman que el ADN extraído de muestras de Orageno/saliva da como resultado un ADN de la más alta integridad, con un rendimiento equivalente al de la sangre para las aplicaciones más exigentes, incluidos los microarrays y la secuenciación (genoma completo y dirigido).

Hecho # 6: El ADN de la saliva es adecuado para la secuenciación del genoma completo (WGS).

Nos sorprende que sigamos escuchando preocupaciones sobre el uso de la saliva para la secuenciación y es hora de poner esos temores a descansar de una vez por todas. Hay muchas referencias científicas para la saliva (Oragene) que se están utilizando con éxito para la secuenciación en estudios pequeños y grandes. Por ejemplo, el Dr. Cory McLean de 23andMe presentó un póster en el que describía los grupos de trabajo de 50 muestras de saliva. El trabajo del Dr. McLean se centró en la mutación LRRK2 G2019S en una cohorte de la enfermedad de Parkinson, los animo a echar un vistazo a su póster. El ADN extraído de estas muestras archivadas de Orageno/saliva se secuenció, utilizando la tecnología Illumina, a una profundidad media de 44,9 veces la cobertura y cubrió el 97,8-98,2% del genoma. Después de identificar las variantes en estas muestras, el Dr. McLean comparó los resultados con los datos de la misma cohorte determinada previamente mediante una matriz de genotipado y observó una concordancia de 99,91 a 99,97%, lo que indica que las muestras de orageno/saliva proporcionan resultados consistentes en diferentes plataformas tecnológicas. La pregunta que muchos investigadores siguen haciendo es: ¿qué impacto tiene el contenido bacteriano de la saliva en la secuenciación? Hemos demostrado claramente que al realizar la secuenciación el contenido bacteriano no tiene impacto en la llamada de variantes.

Además, un póster presentado recientemente por el Broad Institute declaró:

«Hasta la fecha, hemos secuenciado más de 1585 muestras de saliva (Oragene) a una cobertura de 30 veces utilizando HiSeqX (Illumina) Given Dada esta experiencia, estamos seguros de que la secuenciación de muestras de pacientes de saliva (Oragene) puede ser rentable y producir resultados de alta calidad para investigación y estudios clínicos.»

Si ha dudado en usar la saliva para la secuenciación del genoma completo, puede estar seguro de que ahora es el momento de probarlo.

Hecho # 7: Recolectar ADN de la saliva es menos costoso que el ADN de la sangre.

El precio asociado con la recolección de sangre puede percibirse como gratuito para muchas instituciones que han establecido laboratorios/centros de servicios de recolección de sangre; sin embargo, hay costos reales para la recolección de muestras incluso dentro de estos entornos. Los flebotomistas, los suministros médicos y los requisitos de envío (hielo seco, contenedores y entrega nocturna) agregan un estimado de 4 40 por muestra, sin incluir el almacenamiento en el congelador. El ADN de la saliva, recogido con un producto como Oragene, en comparación, viene en una variedad de formatos con diferentes capacidades de rendimiento y estabilidad que cuestan entre un 48% y un 80% menos. Se introducen más ahorros, ya que los productos Oragene permiten la recogida en el hogar, el envío estándar por correo ordinario a temperatura ambiente y la refrigeración cero.

Daksis, J. I. et al. afirma :» La adquisición de ADN de alta calidad para análisis moleculares a partir de muestras orales ofrece claras ventajas en el costo, la manipulación, el almacenamiento y el envío en comparación con la adquisición de muestras de sangre. Abraham Por lo tanto, abre el camino para pruebas convenientes en el punto de atención Abraham»

Abraham J. E et al. continúa » extraction la extracción comercial de ADN de la saliva es más barata que de la sangre.»

Y otro estudio de Nishita, D. M. et al. informes » La obtención de muestras biológicas de sangre presenta desafíos logísticos y financieros. Como resultado, la recolección de muestras biológicas de saliva es cada vez más frecuente debido a la facilidad de recolección y el menor costo.»

En general, la saliva es menos costosa que la sangre para la recolección de ADN al tener en cuenta todos los costos asociados con el procedimiento de recolección de muestras.

Hecho # 8: Los métodos de recolección de muestras de saliva de ADN NO son todos iguales.

Hay 3 métodos para recolectar muestras de ADN oral: procedimientos secos, húmedos y no invasivos. Los procedimientos secos requieren que el donante inserte un citobrush, un hisopo bucal u otro dispositivo de recolección en la boca, donde se raspa el tejido de las superficies de las encías y las mejillas. Estos métodos recolectan principalmente células bucales y una alta proporción de bacterias que se adhieren a la línea de las encías.

Sin embargo, las muestras de ADN recogidas de la saliva donde el donante escupe en un dispositivo de recolección (Oragene) son bastante diferentes y ofrecen rendimientos y calidad de ADN más altos que otros métodos de recolección de muestras de ADN orales. Un estudio, titulado Nuevo Método de Recolección de ADN en Saliva En Comparación con las Técnicas de Recolección de Células Bucales para Estudios Epidemiológicos, afirma:

«La recolección de saliva completa proporcionó un rendimiento promedio de ADN que fue significativamente mayor que todos los otros métodos… El rendimiento medio was fue aproximadamente tres veces el rendimiento medio del enjuague oral, y más de 12 veces el rendimiento medio de los métodos de hisopo bucal y cepillo.»

Está claro que NO todos los métodos de saliva de ADN son iguales, pero puede estar seguro al elegir una opción como Oragene que optimiza tanto la calidad como la cantidad de ADN.

Conclusión

Estos son los 8 datos sobre el ADN en la saliva que creemos que muchas personas no conocen. Esperamos que esto ayude a aclarar gran parte de la desinformación que continúa circulando sobre el ADN de la saliva. Si no ha elegido ADN de la saliva en el pasado, ahora debe sentirse seguro al tomar esa decisión para cualquier proyecto que involucre análisis de ADN genómico. Decenas de miles de investigadores y médicos de todo el mundo ya están trabajando con saliva debido a su rendimiento de alta calidad, junto con una recolección rápida y fácil y un transporte eficiente. Asegúrese de solicitar kits de evaluación para su próximo estudio a continuación.

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