ほとんどの人が唾液からのDNAについて知らない8つの事実

このブログ、遺伝リンクの立ち上げ以来、2009年に、私たちは唾液からのDNAについて知 唾液は人体の最も入手しやすい生物液体であるが、7年後に、私達は私達がこの強く、アクセスし易いサンプルタイプについての間違った認識をいかに それは一度、すべての唾液からDNAにまっすぐに記録を設定する時間です。 準備はいいか? ここにほとんどの人々が知らない唾液からのDNAについての8つの事実はある。事実#1:唾液中のDNAは頬上皮細胞と白血球の両方に由来しています。

事実#1:唾液中のDNAは頬上皮細胞と白血球の両方に由来しています。多くの混乱が唾液中のゲノムDNAの本当の供給源を取り囲んでいることを知って驚くかもしれません。

唾液中のゲノムDNAの本当の供給源を 驚くべきことに、ほとんどの人は、唾液中のDNAの源は厳密に頬上皮細胞であると仮定しています。 但し、調査は唾液のDNAの74%まで多量の良質のゲノムDNAの優秀な源である白血球から来ることを示します。 血液とほぼ同じ量のDNAと同じDNA品質をもたらす唾液は、遺伝的応用のために血液と同等であると考えることができます。事実#2:唾液からのDNAの大部分はヒト起源のものです。

事実#2:唾液からのDNAの大部分はヒト起源のものです。

ほとんどの科学者は大量のDNAを好むが、下流のプラットフォームの技術的進歩は現在、DNAが十分な品質であるという警告で少量のDNAでさえも検査を可能にしている。 実際に述べたように#1,唾液中のDNAの大部分は、白血球から来ています. しかし、人間の唾液には細菌も含まれています。 唾液からDNAを抽出すると、細菌DNAはヒトDNAと一緒に回収される。 口腔スワブやマウスウォッシュなどの他の経口サンプリング方法と比較すると、Orageneで収集された2mlの唾液サンプルは約11%の細菌DNAを得、66%のマウスウォッシュよりも実質的に低く、88%以上の細菌DNAでcytobrushesをもたらす。Orageneのような製品で採取した唾液を使用している場合は、唾液からのDNAの大部分が非常に低い細菌含有量のヒト起源であると確信できます。

事実#3:唾液からのDNAは、低いA260/A230比にもかかわらず、高純度である。

事実#3:唾液からのDNAは、低いa260/A230比にもかかわらず、高純度である

230での吸光度は、フェノールおよびフェノール化合物、炭水化物および他の有機物などの様々な汚染物質を測定するために使用されます。 唾液のサンプルは多量の炭水化物を含んでいます(重くglycosylated蛋白質のムチンから)。 蛋白質が抽出の間に取除かれる間、この炭水化物の少量は後ろに残されます。 炭水化物は230nmで非常に強く吸収します従って少しの炭水化物は悪い比率をもたらす230読書を非常に膨脹できます。 これらの炭水化物の存在は下流の適用に影響を与えないし、従ってa260/A230は唾液のサンプルから得られるDNAの下流の使用のための適合性を査定 しかし、これらはOrageneおよびprepIT•L2P試薬内にはないので、これはOragene/唾液サンプルの問題ではありません。唾液から抽出されたDNAの純度を正確に測定するには、A260/A280を計算する必要があります。

唾液から抽出されたDNAの純度を正確に測定するには、a260/ タンパク質(特に芳香族アミノ酸)が280nmで光を吸収するので、260nm対280nmでの吸光度の比は、タンパク質溶液のDNA汚染を評価するために一般的に使用さ PrepIT•L2Pで抽出する場合、A260/A280の中央値の比率は1.6-1.9です。 これらの比率は、一般的に、他のすべてのQC指標(ゲル上の高分子量、蛍光ベースの定量法による許容濃度)が合格することを考えると、下流のアプリケーション事実#4:唾液は大量の高分子量DNAを生成します。

事実#4:唾液は大量の高分子量DNAを生成します。Oragene/唾液サンプルからDNAを抽出すると、RNAはDNAと共精製されます。

RNAは下流のアプリケーション(PCR、SNPジェノタイピング、WES、またはWGSを含む)には影響せず、除去することができますが、吸光度のみで定量するとDNAの定量に影 吸光度(Nanodropなど)で定量する場合は、サンプル(RNAおよびDNA)中の核酸の総量を測定しています。 したがって、サンプル中のDNAの量が過大評価される可能性があり、あなたのアッセイにDNAの過負荷のためにパフォーマンスが低下する可能性があります。 PicogreenまたはQubitのような蛍光性に基づく定量化は唾液のサンプル内のDNAの正確な測定を提供する。

Orageneを使用した2mlの唾液サンプルからのDNAの中央収率は、prepIT•L2Pを使用して最適化されたOrageneプロトコルに従って精製され、高度に特異的な蛍光/DNase法 分子量の点では、Oragene/唾液からのDNAは>23kbpのサイズです。 Dnaの収穫および分子量は両方Oragene安定化化学で集められたとき室温で幾年もの間高い完全性に残ります。事実#5:唾液はDNA分析のために血液を確実に置き換えることができます。

採血は、多くの場合、DNA品質の黄金の基準と考えられており、それは世界中の病院、診療所、およびラボ全体で確立された慣行です。

採血は、 しかし、多くの人々は、唾液と血液を交換することは、ゲノムDNA分析のための実証済みのオプションであることを知りません。

唾液収集キット(Oragene)は、分解を阻害し、細菌の増殖を防止することにより、高分子量DNAを安定化するように設計されています。 Orageneで得られたDNAの大部分は、フラグメントサイズが>23kbであり、大部分がヒト起源であるため、細菌の量は実用的な意義は最小限である(平均は11.8%の細菌)。

複数の研究では、Oragene/唾液サンプルから抽出されたDNAは、マイクロアレイやシークエンシング(標的および全ゲノム)を含む最も要求の厳しいアプリケーシ 事実#6:唾液からのDNAは、全ゲノムシーケンシング(WGS)に適しています。

私たちは、シーケンシングのために唾液を使用することについての懸念を聞いて続けていることに驚いており、それは一度、すべての残りの部分に 唾液(Oragene)のための多くの科学的な参照が首尾よく小さく、大きい調査で配列決定のために使用されています。 例えば、23andmeのコーリー-マクリーン博士は、50個の唾液サンプルのWGSを説明したポスターを発表しました。 McLean博士の研究は、パーキンソン病コホートにおけるLRRK2G2019s変異に焦点を当てています。 これらのアーカイブされたOragene/唾液サンプルから抽出されたDNAは、Illumina技術を使用して、44.9倍のカバレッジの中央値の深さに配列決定され、ゲノムの97.8–98.2% これらのサンプル中の変異体を同定した後、マクリーン博士は、以前にジェノタイピングアレイを用いて決定された同じコホートからのデータと結果を比較し、99.91–99.97%の一致を観察し、Oragene/唾液サンプルが異なる技術プラットフォーム間で一貫した結果を提供することを示している。 多くの研究者が尋ね続けている質問は次のとおりです: 唾液からの細菌含有量は、配列決定にどのような影響を与えますか? 我々は明らかに細菌の内容を配列決定を実行する際にバリアント呼び出しに影響を与えないことを実証しました。

さらに、最近ブロード研究所が発表したポスターは次のように述べています。

“これまでに、HiSeqX(Illumina)を使用して1585(Oragene)唾液サンプルを30倍に配列決定してきました…この経験を考えると、(Oragene)唾液からの患者サンプルをシーケンシングすることは、費用対効果が高く、研究および臨床研究のための高品質の結果を生み出すことができると確信しています。”

あなたは全ゲノム配列決定のために唾液を使用することを躊躇してきた場合、あなたはそれが今それを試してみる時間だ事実#7:唾液からDNAを収集することは、血液からのDNAよりも安価です。

事実#7:唾液からDNAを収集することは、血液からDNAよりも安価です。

採血に関連する価格は、採血ラボ/サービスセンターを設立した多くの機関では無料であると認識されるかもしれませんが、これらの環境内でも採血 Phlebotomists、医療用品および船積みの条件(ドライアイス、容器および夜通し配達)はフリーザーの貯蔵を含んでいないサンプルごとの推定4 40を、加える。 Orageneのような製品で採取された唾液からのDNAは、比較して、48%〜80%の間の費用がかかる異なる収率および安定性能力を有する様々な形式で提供される。 Orageneプロダクトが室温で規則的な郵便による自宅のコレクション、標準的な船積みおよびゼロ冷凍を可能にするのでより多くの節約はもたらされる。 p>

Daksis,J.I.et al. 状態、”口頭サンプルからの分子試金のための良質DNAの獲得は血からのサンプルの獲得上の費用、処理、貯え、そして出荷の明確な利点を提供する。 …したがって、それはケアテストの便利なポイントのための道を開きます…”

Abraham J.E et al. 続きを読む”…唾液からのDNAの商業的抽出は、血液からよりも安いです。”

そして、西田、D.M.らによる別の研究。 レポート”血液バイオスペシメンを得ることは、物流と財務上の課題を提示します。 その結果、唾液のbiospecimenのコレクションはコレクションおよび低価格の容易さのためにより頻繁になっています。”

全体的に、サンプル収集手順に関連するすべてのコストを考慮すると、唾液はDNA収集のための血液よりも安価です。事実#8:DNA唾液サンプル収集方法はすべて等しいわけではありません。

事実#8:DNA唾液サンプル収集方法はすべて等しいわけではありません。経口DNAサンプルを収集するための3つの方法があります–乾燥、湿潤および非侵襲的な手順。 乾燥したプロシージャは提供者がティッシュがゴムおよび頬の表面から擦れる口にcytobrush、頬の綿棒または他のコレクション装置を挿入するように要求 これらの方法はgumlineに付く細菌の主に頬の細胞そして高い割合を集めます。しかし、ドナーが採取装置(Oragene)に唾を吐く唾液から採取されたDNAサンプルは、他の経口DNAサンプル採取方法よりも高い収率とDNA品質を提供します。

疫学研究のための頬細胞収集技術と比較した新しい唾液DNA収集方法と題されたある研究は、次のように述べています。

“全唾液収集は、他のすべての方法よりも有意に大きかった平均DNA収率を提供した。.. 中央収率…口腔リンスの中央収率の約三倍であり、口腔スワブおよびブラシ法の中央収率の12倍以上であった。”

すべてのDNA唾液方法が等しいわけではないことは明らかですが、Dnaの品質と量の両方を最適化するOrageneのようなオプションを選これらは唾液中のDNAに関する8つの事実であり、多くの人が知らないと信じています。

結論

これらは唾液中のDNAに関する8つの事実 私たちは、これが唾液からDNAについて循環し続けている誤報の多くを解消するのに役立つことを願っています。 あなたが過去に唾液からDNAを選択していない場合は、今ゲノムDNA分析を含む任意のプロジェクトのためにその選択をすることに自信を持って感 世界中の何万人もの研究者そして臨床医は速く、容易なコレクションおよび有効な輸送とつながれる良質の性能による唾液を既に使用している。 以下のあなたの次の研究のための評価キットを要求してください。p>

Thiede,C.et al. 口腔スワブではなく、うがい薬サンプルは、同種骨髄移植のレシピエントから移植前のDNA指紋を得るために使用することができます。 (2000). 骨髄移植。 25(5): 575-577.Oragene®self-collection kit、DNA Genotek white paper、PD-WP-011で採取した唾液サンプルのヒトゲノムDNA含量

Iwasiow、R.M.およびBirnboim、H.C.(2006)。 濁度から透明度へ:Oragene®精製DNAサンプルのA260/A280比を改善するための簡単な方法。 DNAジェノテック MK-AN-017

Oragene®セルフコレクションキット、DNA GenotekでDNAを得ます。 PD-WP-001.

Iwasiow,R.M.And Birnboim,H.C.(2011). Oragene®self-collection kitに保存された唾液サンプルからのDNAの長期安定性。 DNAジェノテック PD-WP-005

McLean et al,Whole-genome sequencing of50Lrrk2G2019S carriers discordant for Parkinson’s disease,

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Daksis J.I.およびErikson G.h.Heteropolymeric Triplex-Based Genomic Assay®は、ヒトゲノム試料中の病原体または一塩基多型を検出する。 プロスワン 2(3):e305(2007).

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